Mondros Mütarekesi’nden sonra Mustafa Kemal Paşa İstanbul’a geldiğinde bir süre Perapalas Oteli’nde kaldıktan sonra Şişli’de bir ev tutar. Bu evde Kurtuluş Savaşı’nın plânları yapılır. Eve gelenlerde biri de Albay İsmet Bey’dir.

Bir gün Mustafa Kemal Paşa, Albay İsmet’i evine çağırır ve İsmet Bey’e haberlerin nasıl olduğunu sorar. Masanın üzerine bir harita açarak İsmet Bey’e şöyle bir soru sorar: “Meselâ hiçbir sıfat ve selâhiyetin olmaksızın Anadoluya geçmek ve orada kurtuluş çarelerini aramak için en müsait mıntıka ve beni o mıntıkaya götürecek en kolay yol neresi olabilir?” diye sorar. Mustafa Kemal Paşa’nın Albay İsmet’e böyle bir soru sormasının nedeni; onun memleket meseleleri ile yakından ilgilenmesi, orduyu tanıması, içinde bulunan şartları en iyi şekilde değerlendirebilen bir kişi olmasıdır. Albay İsmet, bu soru karşısında “mıntıkalar çok! Yollar çok!” diye cevap vermiştir.

Mustafa Kemal Paşa 9 ncu Ordu müfettişi olarak Anadolu’ya hareketinden önce Albay İsmet Bey’le görüşür ve Anadolu’daki mücadelesinde kendisine yardım etmesini söyleyerek daha sonra kendisini de Anadolu’ya çağıracağını belirtir. İstanbul’da kaldığı sürece Albay İsmet’in kendisiyle görevi nedeniyle irtibat kurmamasını ister.

Mustafa Kemal Paşa 27 Aralık 1919 tarihinde Ankara’ya geldiğinde Albay İsmet Bey’i çağırır. Albay İsmet, 8 Ocak 1920’de üstlerinden izin almadan Ankara’ya gelir. Fakat Harbiye nazırı olan Fevzi Paşanın çağırması üzerine, Mustafa Kemal Paşa’nın da tasdik etmesiyle 3 Şubat 1920’de İstanbul’a döner. Albay İsmet’in görevi muntazam ordu kurulması için gerekli çalışmaları İstanbul’dan yürütmektir.

Albay İsmet Bey’in bu görevi 16 Mart 1920 günü İstanbul’un İtilâf devletleri tarafından işgaline kadar sürer. İstanbul’un işgalinden sonra artık Albay İsmet’in İstanbul’da yapacağı bir işi kalmadığına karar veren Mustafa Kemal Paşa onu Ankara’ya çağırır. Albay İsmet 3 Nisan 1920’de ikinci defa Ankara’ya gelir. Artık Kurtuluş Savaşı’nın sonuna kadar Mustafa Kemal Paşa ile birlikte onun sağ kolu olarak görev yapmaktadır. Büyük Millet Meclisinde Edirne milletvekili olarak bulunur. Aynı zamanda ilk hükümetin Genelkurmay Başkanıdır..

Mustafa Kemal Paşa 10 Kasım 1920’de Albay İsmet’i Batı Cephesi Kuzey Kesimi Kumandanlığına, Albay Refet’i (Bele) ise Güney Cephesi Komutanlığına atar. Her ikisine de cephelerdeki Kuvayı Milliyenin düzenli orduya dönüştürülmesini emreder. Mustafa Kemal Paşanın böyle bir karar almasındaki sebep Batı Anadolu bölgesinde başlayan Yunan taarruzunun durdurulamamış olmasıdır.

Albay İsmet, Batı Cephesi Kuzey Kesimi komutanlığına atanmadan önce Yunanlar Bursa Cephesi’nde ileri harekâta başlamışlardı. Yunanlarla savaş İzmir’in işgali ile başlamıştır. (15 Mayıs 1919) Müttefikler güneyde İzmir-Aydın demiryoluna, güneydoğuda Aydın’dan Nazilli’ye doğu ve kuzeydoğuda Manisa ve Turgutlu şehirlerine, kuzeyde ise Ayvalık ve Bergama’ya kadar giden sahayı Yunan işgal bölgesi olarak tanımışlardır. Bu sahayı işgal eden Yunanların, İzmir’den Anadolu içlerine ilerlemeleri Kuvayı Milliye tarafından durdurulmaya çalışılmıştır. Kuvayı Milliyenin sayıca artması ve direnişin gittikçe sertleşmesi Yunanları ve onların destekleyicisi İtilâf devletlerini kaygılandırmıştır. Bu nedenle Türklerin taarruzlarının bir süre için durdurularak Yunanlıların taciz edilmesini önlemek ve bu süre zarfında kuvvetlerini takviye etmelerini sağlamak amacıyla 3 Kasım 1919 tarihinde İtilaf İşgal Kuvvetleri Komutanı General Milne tarafından, Türklerle Yunan birliklerinin geçmeyeceği bir hat çizmiştir. Kuvayı Milliye bu hattı kabul etmemekle birlikte İstanbul Hükümeti kabul etmiş; Yunan kuvvetleri de Müttefiklerin işe karışmasıyla bu hatta durmuştur. İşte Yunanlar bu hattı da geçmişler ve Ankara’ya doğru ilerlemektedirler. Bu taarruzda politik amaç, Türk milletini hazırlanmakta olan Sevr Antlaşması’ nın hükümlerini kabul etmeye mecbur bırakmaktadır. Taarruzun askerî amacı ise Büyük Millet Meclisi ordularını dağıtmak ve Ankara’ya kadar uzanan Türk topraklarını işgal etmektir.

Türk ordusunun bir kısmı Büyük Taarruz esnasında Kocaeli yarımadasından boğazlara doğru bir harekât başlatmıştır. İstanbul’da sadece İngilizler, Türk ordusunun ilerleyişine karşı tavır almış fakat diplomatik görüşmelerle boğazların serbestliği ilkesi Türk tarafı tarafından kabul görünce İngilizlerle de mesele çözümlenmiştir. Sadece Doğu Trakya’nın geri alınması sorunu kalmıştır. Başkomutan Mustafa Kemal Paşa bu sırada Doğu Trakya’nın derhâl teslim edilmesini istemiştir. Türk ordusu Trakya’yı geri almak için büyük çaplı bir harekât hazırlığı içerisine girince Fransa’nın arabuluculuğu ve Rusya ve İtalya temsilcilerinin de girişimi ile İngiltere siyasetini değiştirir. 4 Ekim 1922 tarihinde Mudanya’da İtilâf devletleri ile Yunanistan ve Türkiye temsilcileri bir araya geldiler. Türkiye’yi İsmet Paşanın temsil ettiği Mudanya görüşmeleri sonunda 11 Ekim 1922 tarihinde ateşkes antlaşması imzalanmıştır